La IA ha abierto un cofre que llevaba cerrado casi 4.000 millones de años: la salvación de los antibióticos

La humanidad se enfrenta a una de las amenazas más graves de su historia: la resistencia a los antibióticos. Según la Organización Mundial de la Salud (OMS), este fenómeno es una de las 10 principales amenazas para la salud pública mundial. Solo en 2019, se asociaron casi 5 millones de muertes en todo el mundo debido a bacterias que han desarrollado defensas contra los antibióticos existentes. Si no se encuentran alternativas, se estima que esta cifra podría duplicarse en las próximas dos décadas.

Sin embargo, en medio de esta crisis, un rayo de esperanza ha surgido de la mano de un investigador español. César de la Fuente, biotecnólogo de la Universidad de Pensilvania, ha liderado un equipo que ha utilizado inteligencia artificial para descubrir una nueva familia de antibióticos en un lugar insospechado: las arqueas, microorganismos que han existido en la Tierra durante casi 4.000 millones de años.

Este artículo analiza en profundidad este descubrimiento revolucionario, explicando qué son las arqueas, cómo funciona la tecnología que ha permitido este hallazgo, cuáles son las características de las nuevas moléculas descubiertas (bautizadas como «arqueasinas») y cuál podría ser su impacto en la lucha contra las superbacterias.

biotech Las arqueas: supervivientes extremos

Las arqueas son microorganismos unicelulares que conforman uno de los tres dominios de la vida, junto a las bacterias y las eucariotas (el grupo que incluye a humanos, animales y plantas). Aunque se parecen a las bacterias bajo el microscopio, las arqueas difieren fundamentalmente en su genética, membranas celulares y bioquímica.

Pero lo que realmente llamó la atención del equipo de De la Fuente fue la capacidad de las arqueas para sobrevivir en entornos tan extremos. «Nos sentimos atraídos por las Arqueas porque han tenido que desarrollar defensas bioquímicas en entornos inusuales», explica Marcelo Torres, investigador asociado en el laboratorio de De la Fuente y coautor principal del estudio. «Pensamos que si han sobrevivido durante miles de millones de años bajo esas condiciones, tal vez han desarrollado formas únicas de combatir a los competidores microbianos, y tal vez podríamos aprender de eso».

Las arqueas representan un vasto dominio de la vida que ha permanecido prácticamente inexplorado en la búsqueda de nuevos antibióticos. Existen más de 20.000 especies diferentes de arqueas, cada una con su propio conjunto único de adaptaciones bioquímicas que podrían contener la clave para combatir las superbacterias.

«Exploramos un dominio de la vida prácticamente inexplorado y encontramos una mina nueva de antibióticos. Desde el punto de vista biológico, situamos a las arqueas, junto a las bacterias y los hongos, como una rica fuente de moléculas útiles.» – César de la Fuente, investigador principal

psychology El descubrimiento: IA al rescate

Para poder buscar entre las más de 20.000 especies de arqueas diferentes, el equipo de De la Fuente tuvo que desarrollar una herramienta de inteligencia artificial específica. Utilizaron una versión actualizada de APEX (Algorithm for Peptide Excavation), un sistema que el laboratorio había desarrollado originalmente para identificar candidatos a antibióticos en las reliquias biológicas, incluyendo en las proteínas de animales extintos como el mamut lanudo.

El sistema ha mejorado significativamente desde que el laboratorio comenzó a utilizar la IA y el aprendizaje profundo para identificar compuestos. En los primeros trabajos, se obtuvieron resultados en algo más del 60% de las propuestas arrojadas por la computadora y se consideró un éxito. Con la reprogramación y perfeccionamiento del modelo, este porcentaje se ha incrementado en 30 puntos, alcanzando un 93% de efectividad.

El proceso de descubrimiento combina la potencia computacional de la IA con la validación experimental tradicional. Primero, el sistema analiza las secuencias genéticas de las arqueas para identificar péptidos con potencial antibiótico. Luego, estos candidatos se sintetizan en el laboratorio y se prueban contra diferentes bacterias patógenas, incluyendo cepas multirresistentes.

«La inteligencia artificial puede revelar nuevos antibióticos de fuentes biológicas inesperadas. Combinar algoritmos con pruebas experimentales rápidas nos permite acelerar el descubrimiento a velocidad digital.» – César de la Fuente

science Arqueasinas: la nueva esperanza

Entre los miles de compuestos identificados por la IA, el equipo seleccionó 80 candidatos para pruebas más exhaustivas. Los investigadores bautizaron estas moléculas como «arqueasinas», un término que refleja su origen en las arqueas y su función como agentes antimicrobianos. El análisis químico reveló que estas moléculas difieren de los péptidos antimicrobianos (AMPs) conocidos, especialmente en su distribución de carga eléctrica.

Mecanismo de acción único

Los antibióticos funcionan de varias maneras. Algunos perforan agujeros en las membranas bacterianas, mientras que otros bloquean la capacidad de los organismos para producir proteínas. Lo que hace a las arqueasinas especialmente interesantes es su mecanismo de acción único.

El equipo de De la Fuente planea seguir mejorando APEX para aumentar aún más su precisión y capacidad para identificar nuevos compuestos. También esperan comprender mejor la eficacia y seguridad a largo plazo de las arqueasinas, con el objetivo de algún día llevarlas a ensayos clínicos humanos.

«Esta investigación muestra que hay potencialmente muchos antibióticos esperando a ser descubiertos en las Arqueas. Con más y más bacterias desarrollando resistencia a los antibióticos existentes, es crítico encontrar nuevos antibióticos en lugares no convencionales para reemplazarlos.» – César de la Fuente

trending_up Impacto y futuro de la investigación

El descubrimiento de las arqueasinas llega en un momento crítico para la salud pública mundial. Según la OMS, la resistencia a los antimicrobianos amenaza con devolvernos a una era pre-antibiótica, en la que infecciones comunes y lesiones menores podrían volver a ser mortales. Sin antibióticos eficaces, procedimientos médicos tan comunes como las cesáreas, las implantaciones de prótesis, la quimioterapia contra el cáncer o los trasplantes de órganos se volverían mucho más arriesgados.

Un nuevo paradigma en la lucha contra las superbacterias

El descubrimiento de las arqueasinas representa un cambio fundamental en la forma en que buscamos nuevos antibióticos. En lugar de centrarse exclusivamente en bacterias y hongos, como se ha hecho desde el descubrimiento de la penicilina, este trabajo abre un nuevo dominio de la vida a la exploración farmacológica.

Los modelos basados en IA prometen ayudarnos a descubrir nuevos medicamentos totalmente personalizados que puedan combatir la actual ineficacia de los antibióticos. La capacidad de estos modelos para analizar enormes conjuntos de datos clínicos y experimentales puede permitir un diagnóstico preciso de enfermedades, pronóstico de tratamiento y la predicción o desarrollo de nuevos compuestos antimicrobianos.

Sin embargo, a pesar de los avances de los nuevos algoritmos, los investigadores todavía tienen que superar problemas actuales en la accesibilidad de datos, que limita su capacidad para funcionar efectivamente en diversas poblaciones de pacientes y escenarios clínicos.

play_circle Las superbacterias: una amenaza creciente

Para comprender mejor la gravedad del problema de la resistencia a los antibióticos, te invitamos a ver este video que explica el desafío que representan las superbacterias:

summarize Conclusiones: Un cofre abierto

El descubrimiento de las arqueasinas por el equipo de César de la Fuente representa un hito científico con el potencial de cambiar el curso de la lucha contra la resistencia a los antibióticos. Al utilizar inteligencia artificial para explorar un dominio de la vida que había permanecido prácticamente inexplorado en la búsqueda de nuevos antimicrobianos, los investigadores han abierto un cofre que llevaba cerrado casi 4.000 millones de años.

El camino por delante

A pesar del entusiasmo que genera este descubrimiento, todavía queda un largo camino por recorrer antes de que las arqueasinas puedan convertirse en un tratamiento disponible para los pacientes. Los investigadores necesitan realizar más estudios para confirmar su seguridad y eficacia en humanos, así como desarrollar métodos para producir estas moléculas a escala industrial.

«Esto es solo el comienzo. Las Arqueas son una de las formas de vida más antiguas, y claramente tienen mucho que enseñarnos sobre cómo superar en astucia a los patógenos que enfrentamos hoy.» – César de la Fuente

El descubrimiento de las arqueasinas es un recordatorio de que la naturaleza todavía guarda muchos secretos por descubrir, incluso en los lugares más inesperados. En un mundo que enfrenta la amenaza creciente de la resistencia a los antibióticos, este hallazgo representa un rayo de esperanza y un ejemplo de cómo la combinación de tecnología avanzada y exploración biológica puede abrir nuevas fronteras en la medicina.

Como dijo César de la Fuente, «Las Arqueas son una de las formas de vida más antiguas, y claramente tienen mucho que enseñarnos sobre cómo superar en astucia a los patógenos que enfrentamos hoy». Este descubrimiento no solo ofrece nuevas armas en nuestra lucha contra las superbacterias, sino que también nos recuerda la importancia de conservar y explorar la biodiversidad de nuestro planeta, ya que en ella podrían encontrarse las soluciones a algunos de los problemas más urgentes que enfrentamos como humanidad.